植物學裡,胚軸 又稱 胚莖,是的一個部分,為連接胚芽與胚根的過渡部;胚軸要在種子發芽後,才伸長而變明顯。胚軸以子葉作為分界,位於子葉著生點以上的部分稱為上胚軸(英語:epicotyl),位於子葉著生點以下的部分稱為下胚軸(英語:hypocotyl)。

斯考勒氏柳英语Salix scoulerianaSalix scouleriana)的種子,標示由上而下為種皮seedcoat)、子葉cotyledon)、下胚軸(hypocotyl)、胚根radicle)。

植物在發芽的過程中,胚根向下生長至土壤之中。在胚根發育之後,在胚根之上的胚軸是初始支撐子葉的構造,後續會發育成莖的一小部分。(大部分的莖由胚芽發育而成)

在一些植物裡,胚軸可作為儲藏養分的器官,例如仙客來大岩桐

註:另有學者定義胚軸為胚芽、上胚軸、下胚軸、胚根的合稱。

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